La grande baie ouest du réfectoire des sœurs n’a été percée qu’en 1845. En effet, des maisons médiévales y étaient accolées jusqu’en 1841. En 1936 cinq vitraux de la chapelle de la Charité sont transférés dans le réfectoire, au moment de la démolition de l’hospice de la Charité.
Ceux-ci avaient été réalisés en 1890 par le maître-verrier Lucien Bégule, artiste lyonnais de renom. Les vitraux narraient l’histoire de l’Aumône générale. En septembre 1944, suite à l’explosion du pont de la Guillotière, les vitraux du réfectoire sont détruits. En 1966, de nouveaux vitraux dessinés par Daniel Octobre et réalisés par le maître-verrier Jean Coquet sont posés.
C’est en 1747 que l’on achève la construction du grand réfectoire, du vestibule et de la cuisine de l’Hôtel-Dieu.
Le vestibule était un lieu de transition entre les fonctions hospitalières et les fonctions «communautaires» des sœurs en l’occurrence la prise du repas. Comme dans les monastères cisterciens, le réfectoire est précédé d’un lavabo. Ici deux grands lavabos à l’Est et à l’Ouest permettaient au personnel de se laver les mains avant l’entrée au réfectoire. En marbre noir mouluré, ils reposent sur trois consoles et sont surmontés d’un bassin en pierre inséré dans le mur, avec cinq robinets en laiton. Dallé de pierre, il est éclairé à l’Est et à l’Ouest par un vitrail de verre blanc et de couleur, ils représentent les armoiries de Lyon et celles de l’hôtel-Dieu. (vitrail récent)